Kisha Ungjillore – Prilep punon kryesisht mes popullsisë rome në Prilep, dhe fillimet e kësaj kishe janë në vitin 1996, pasi së pari nisi një bashkësi shtëpiake me rreth tridhjetë të rinj. Në vetë fillimin për kishën kujdesej çifti Budimir dhe Asterija, të cilët punonin tashmë si misionarë në Shtip. Më vonë, me ndihmën e fondacionit Galilea nga Gjeneva, u ble objekti kishtar dhe kisha iu bashkua kishave në kuadër të Kishës Ungjillore në Maqedoni. Në atë periudhë kisha punonte nën mbikëqyrjen e kryetarit të K.U. në Maqedoni, Mirço Andreev, i cili e vizitonte rregullisht kishën. Kjo kishë nisi veprimtari edhe në Manastir, si shpërndarje literature të krishterë, punë humanitare, shfaqje e filmit “JEZUSI” e të ngjashme, ndërsa person përgjegjës për ato veprimtari ishte Tefik Musoski. Me kalimin e kohës, nga Kisha Ungjillore – Prilep dërgohen njerëz në disa qytete të Maqedonisë për ta ndihmuar punën e kishave tashmë ekzistuese, ndërsa më vonë, edhe përmes zhvendosjes së disa anëtarëve në Austri e Gjermani, nisën bashkësi kishtare edhe në ato vende.